facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC differentiation_MEF+Siero_p0-p7_16052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
View(Inhibition)
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
View(Inhibition)
View(Inhibition)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
View(Inhibition)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=18)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
View(Inhibition)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
View(Inhibition)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC diff on Coll_Siero_MEF_Controllip15_09052024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD03_TSC diff on Coll_Exp5_MEF_siero_03062024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=26)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD03_TSC diff on Coll_Exp5_MEF_siero_03062024.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"), each=26)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$OCT4, Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("OCT4", "TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "KRT7"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD03_TSC_GATA2+KRT7.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c(GATA2", "KRT7"), each=23)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD03_TSC_GATA2+KRT7.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("GATA2", "KRT7"), each=23)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$GATA2, Inhibition$KRT7)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("GATA2", "KRT7"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC_GATA2.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("GATA2"), each=25)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$GATA2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("GATA2"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/qPCR/TSC differentiation")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD06_TSC differentiation.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "GATA2"), each=28)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$GATA2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "GATA2"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD03_TSC differentiation.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "GATA2"), each=27)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$GATA2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("HPD03_TSC differentiation.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "GATA2"), each=26)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$TFCP2L1, Inhibition$KLF17, Inhibition$GATA3, Inhibition$GATA2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("TFCP2L1", "KLF17", "GATA3", "GATA2"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
setwd("~/Dropbox_2021 Dropbox/tormund tormund/Naive feeder-free project/2023/Figures/Raw data/Figure 3/qPCR exit from naive")
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("All conditions KLF4 KLF17.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("KLF4", "KLF17"), each=33)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$KLF4, Inhibition$KLF17)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("KLF4", "KLF17"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("All conditions ZIC2.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("ZIC2"), each=23)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$ZIC2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
# chiamo ggpubr
library(ggpubr)
# set working directory
# carico i file
Inhibition <- read.table("All conditions ZIC2.txt", sep = "\t", dec = ",", header = T, stringsAsFactors = F)
# vettore con i nomi dei geni ripetuti ognuno per 8 volte
Geni <- rep(c("ZIC2"), each=23)
# vettore con i nomi delle condizioni ripetuti
Sample <- rep(Inhibition$Sample, times= length(unique(Geni)))
# vettore con i FC
Relative_expression <- c(Inhibition$ZIC2)
# creo nuovo data frame be ordino
new.Inhibition <- data.frame(Sample, Geni, Relative_expression)
new.Inhibition$Sample <- ordered(new.Inhibition$Sample, levels = unique(Inhibition$Sample))
new.Inhibition$Geni <- ordered(new.Inhibition$Geni, levels = c("ZIC2"))
# creo plot
PLOT <- ggbarplot(new.Inhibition,
x = "Sample",
y = "Relative_expression",
ylab="Relative expression",
fill= "Sample",
facet.by = "Geni",
add = c("mean_se"),
ggtheme = theme_bw())+
geom_jitter(size = 1.5, width = 0)+ ##dimensione dei jitter, con width=0 stanno uno sopra l'altro
theme(legend.position = "top", legend.text = element_text(size = 7), axis.text.y = element_text(size = 10), axis.title.y = element_text(size = 15))+
rremove("x.text")+  ###tolgo le etichette delle x, tanto c'? gi? la legenda
rremove("x.ticks")+  ###tolgo i tick sotto
rremove("xlab")+ ###tolgo CONDIZIONE scritto sotto, tanto c'? gi? nella legenda
rremove("legend.title") ###tolgo titolo legenda
facet(PLOT, facet.by = "Geni", scales = "free", nrow = 1)
